Perintisan mengenai berdirinya Lembaga Pendidikan Pondok Pesantren Darul Mujahadah Prupuk Margasari Kab. Tegal berasal dari gagasan H. Ali Ma'muri, BA. Beliau berasal dari Desa Margasari Kecamatan Margasari Kabupaten Tegal dan beliau adalah salah satu alumnus Pondok Pesantren Darusalam Gontor pada tahun 1978. Gagasan beliau adalah mendirikan lembaga pendidikan islam berupa pondok pesantren modern di desanya sendiri. Akan tetapi karena berbagai hal, ide itu belum dapat diwujudkan. Meskipun demikian hasrat untuk mendirikan Lembaga Pendidikan Islam yang berupa Pondok Pesantren Modern di kampung halamannya itu tidak pernah padam. Kemudian di lain pihak pada akhir tahun 1981-an, para orang tua wali santri se-Jawa Tengah, yang tergabung dalam Ikatan Wali Santri Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar juga mempunyai gagasan untuk mendirikan pesantren di Jawa Tengah. Gagasan itupun lagi-lagi mengalami kegagalan. Satu di antara orang tua/wali santri tersebut adalah seorang Purnawirawan ABRI yang berdomisili di Dukuh Kesambi Desa Prupuk (sekrang Desa Prupuk Selatan) Kecamatan Margasari Kabupaten Tegal bernama Muhammad Barmawi.

Rupanya setelah secara kolektif mengalami kegagalan justru menimbulkan semangat baru untuk mendirikan pesantren di kampung halamannya sendiri. Apalagi kebetulan ada tanah miliknya seluas 2.500 m2 yang berlokasi di Dukuh Kampung Baru Desa Prupuk (sekrang Desa Prupuk Utara) Kecamatan Margasari Kabupaten Tegal. Memang seorang purnawirawan tersebut mempunyai niat dan hasrat yang sangat kuat, tetapi untuk mendirikan pesantren tidak serta merta segera terwujud, maklum saja karena ia bukanlah sosok seorang kyai yang mumpuni untuk kelak dapat memimpin sebuah pesantren. Ketika mengalami kebuntuan mencari figur kyai, ibarat pucuk dicinta ulam pun tiba, H. Ali Ma'muri, BA mendengar informasi tentang hal ini, kemudian ia mencoba menghubungi seorang teman yang juga alumnus Pondok Pesantren Modern Darussalam Gontor, bernama Drs. H. Asrori Muhtarom yang ketika itu sedang mengabdi (ikut mengajar) di Pondok Pesantren Darunnajah Ulujami Jakarta. Beliau mengabdi di Pondok Pesantren Darunnajah Jakarta kurang lebih 15 tahun.

Ali Ma'muri menyampaikan informasi itu dan mengatakan, bahwa di Desa Prupuk (sekarang Desa Prupuk Utara) ada tanah yang akan diwakafkan untuk keperluan pendirian pondok pesantren, dan kalau saja ada yang bersedia untuk memimpin pesantren itu maka akan segera diupayakan langkah-langkah selanjutnya. Pada kesempatan itu pula H. Ali Ma'muri meminta kesediaan temannya itu untuk berjuang memimpin pesantren di kampung halamannya. Ternyata Drs. H. Asrori Muhtarom yang juga putra asli Margasari dan konon punya cita-cita "ingin hidup dan mati di tengah-tengah santri" menerima tawaran tulus temannya itu. Setelah ada kesanggupan dari Drs. H. Asrori Muhtarom maka berhimpunlah beberapa tokoh masyarakat (kelak menjadi pengurus badan pendiri/pengurus yayasan), bermusyawarah untuk menindaklanjuti gagasan pendirian pesantren tersebut. Pertemuan pertama para tokoh itu diadakan di kediaman Muhammad Sajidi, Margasari. Pertemuan itu menghasilkan kesepakatan dan kesepahaman untuk mendirikan pondok pesantren di Desa Prupuk (sekarang Desa Prupuk Utara) di atas tanah wakaf Bpk. Muhammad Barmawi.

Sebagai langkah awal adalah membentuk yayasan yang akan menaungi pesantren tersebut. Maka disiapkan rancangan Anggaran Dasar Yayasan tersebut. Pertemuan berikutnya pada hari Kamis tanggal 27 Desember 1990 menyempurnakan rancangan Anggaran Dasar Yayasan. Sesuai dengan keinginan dan musyawarah Yayasan dengan Pimpinan Pondok maka terbentuklah sebuah lembaga pendidikan Islam yang diberi nama Pondok Pesantren Modern Darul Mujahadah. Kata-kata "Darul Mujahadah" dibuat oleh Drs. KH. Asrori Muhtarom dengan melihat bahwasannya beliau ingin agar pesantrennya mempunyai persamaan kurikulum pembelajaran dengan Pondok Pesantren Modern Darussalam Gontor. Maka dipakailah kata "Daar" (mayoritas Pondok Pesantren alumni Darussalam Gontor menggunakan kata "daar"). Dan kata "Mujahadah" diartikan ke dalam bahasa Indonesia berarti "sungguh-sungguh". Kata tersebut terinspirasi dari ayat al-Qur'an Surat Al-'Ankabut ayat 69 yang berbunyi “walladziina jaahaduu fiinaa lanahdiyannahum subulana” yang artinya: "Dan orang-orang yang berjihad untuk (mencari keridaan) Kami, Kami akan tunjukkan kepada mereka jalan-jalan Kami. Dan sungguh, Allah beserta orang-orang yang berbuat baik." Kemudian dari kata Darul Mujahadah tersebut diharapkan agar seluruh santri yang belajar di Pondok Pesantren tersebut dapat belajar dengan sungguh-sungguh.

Oleh karena Pondok Pesantren Darul Mujahadah berada di bawah naungan Yayasan Darul Mujahadah maka namanya pun diperoleh darinya, menjadi Pondok Pesantren Darul Mujahadah. Sebelum diputuskan nama Darul Mujahadah, ada beberapa usulan nama di antaranya Darul Jihad, dll. Darul Mujahadah ini bersifat independen karena didirikan oleh Keluarga Besar PII (Pelajar Islam Indonesia) Margasari. Tercantum dalam akte notaris awal uang yang disetor Rp 45.1947 adalah kode hari bangkitnya (Harba) PII (Pelajar Islam Indonesia). Atas usulan Drs. KH. Asrori Muhtarom, disepakati nama yayasan "Darul Mujahadah" yang berarti tempat perjuangan (sungguh-sungguh). Dan akhirnya yayasan itupun terbentuk dan berbadan hukum dengan Akta Nomor 55 pada seorang notaris di Tegal bernama Harjono Moekiran, S.H. tertanggal 13 Februari 1991. Setelah yayasan memiliki azaz legalitas, maka digalilah dana untuk keperluan pembangunan pesantren. Selama dua tahun, pembangunan asrama dan ruang belajar diprioritaskan. Kemudian menyusul pembangunan kamar mandi, WC dan tempat wudlu. Pada tahun 1992 telah berhasil dibangun 2 unit bangunan masing-masing 3 lokal untuk asrama dan ruang belajar serta 1 unit bangunan MCK (Mandi, Cuci, Kakus).

Untuk melaksanakan langkah awal, maka pada tahun 1992 untuk memasuki Tahun Pelajaran 1992/1993 mulailah dibuka pendaftaran santri pertama. Pada tahun pertama itu hanya ada sekitar 30-an anak yang mendaftarkan diri sebagai santri, dengan jumlah putra-putri yang berimbang. Seiring berjalannya waktu maka untuk menyeimbangkan perkembangannya, Pondok Pesantren Darul Mujahadah terus mengadakan usaha-usaha dalam hal peningkatan, baik lahan, bangunan maupun jenjang pendidikannya. Semuanya untuk meningkatkan mutu pendidikannya dalam bersaing dengan lembaga pendidikan lainnya. Dan sejalan dengan perkembangan sarana, fisik, kapasitas Pondok Pesantren Darul Mujahadah sampai saat ini menampung santri mukim sejumlah 500an lebih santri yang berasal dari berbagai daerah.

Seiring dengan terus berjalannya waktu dari tahun ke tahun terus senantiasa mengalami peningkatan dalam hal penerimaan santri baru, namun senantiasa disesuaikan dengan kapasitas sarana prasarana yang ada. Sebab sejak awal Pondok Pesantren Darul Mujahadah berdiri, seluruh santri wajib mukim di asrama, meskipun rumah mereka ada di sekitar pesantren. Hal ini tentunya didasarkan pada pertimbangan struktur, mekanisme, pengelolaan operasional dan pelaksanaan fungsi lembaga pendidikan pesantren yang muaranya adalah peningkatan efektifitas dan efisiensi dalam pembangunan pendidikan secara menyeluruh, sesuai kebijakan pendidikan yang ditetapkan oleh pemerintah.

VISI

Terwujudya generasi muda islam yang bertakwa kepada Allah, berakhlak mulia berbadan sehat, berwawasan luas, serta berhidmat kepada agama dan masyarakat.

MISI

1. Membangun kepribadian peserta didik dengan menanamkan dasar akidah, kesadaranberibadahdanperilakumulia.
2. Menyiapkan peserta didik yang memiliki sikap toleran, jiwa ukhuwah, rasa tanggung jawab dan semangat kemandirian.
3. Menyiapkan kader umat Islam yang ikhlas, terampil, memiliki ghiroh islamiyah dan etos juang yang tinggi dan mampu berperan sebagai perekat umat dengan semangat cinta tanah air.

Program pendidikan yang diselenggarakan adalah Tarbiyatul Mu’allimin/Mu’allimat Al-Islamiyah (TMI) yang ditempuh selama 6 tahun, terdiri dari jenjang pendidikan:

1. Madrasah Tsanawiyah (MTs)
2. Madrasah Aliyah (MA)
3. I’dadi / Takhassus (Kelas persiapan selama 1 tahun)

Untuk memperoleh status alumni adalah para santri yang telah lulus menempuh program pendidikan selama 6 tahun bagi santri yang berasal dari Madrasah Tsanawiyah dan 4 tahun bagi santri yang berasal dari kelas I'dadi.

STRUKTUR KEPENGURUSAN YAYASAN DARUL MUJAHADAH

(Berdasarkan Akta Perubahan Anggaran Dasar Yayasan Darul Mujahadah Margasari Nomor 16)

DEWAN PEMBINA YAYASAN
Ketua : H. Rodjai S. Irawan, S.H., M.M.
Anggota : 1. H. Muhamnad Sajidi
2. Drs. H. Aunur Rofiq, M.M.

DEWAN PENGAWAS YAYASAN
Ketua : Hj. Nur Nadhiroh, S.Pd.I.
Anggota : 1. Muhammad Rosihul Iman, M.Psi.
2. Dr. Maftuhin Ridha, M.S.I.

DEWAN PENGURUS YAYASAN
Ketua : H. Muhammad Abduh Hisyam, S.Ag.
Wakil : H. Hanifuddin Abdullah, M.Hum.

Sekretaris: H. Ali Makmuri, B.A.
Wakil : Mohammad Eko Hadi Kuncoro, S.Fil.I., M.Pd.

Bendahara : H. Mudhofar, S.Pd.
Wakil : Emy Marliatun, S.H. 

DEWAN PIMPINAN PONDOK PESANTREN
Pimpinan 1: Hj. Nur Nadhiroh, S.Pd.I.
Pimpinan 2: Muhammad Rosihul Iman, M.Psi.
Pimpinan 3: Mohammad Eko Hadi Kuncoro, S.Fil.I., M.Pd.

KEPALA MADRASAH
Kepala MTs: Imam Bukhori, S.H.I.
Kepala MA : Ismail Marzuki, S.S.